DNA dizilimi ile salgınlar önceden belirlenebilecek mi?

Kerem Yeğinboy/Egeligazete-İngiltere Cambridge Üniversitesi ile birlikte çalışan Solunum Virüsü ve Mikrobiyom girişimi araştırma grubu ve araştırma lideri Doktor Ewan Harrison yeni hastalıkların tespiti için DNA dizileme teknolojisi ile salgınları önceden belirlemeyi amaçlıyor. Projenin amacının herhangi bir yeni sağlık riskinin ortaya çıkışını tespit etmek için dünya genelinde ucuz, kullanımı kolay teknolojiyi kullanımı sunmak olduğu söylendi. İngiliz araştırmacılar, dünya çapında dolaşan solunum virüslerindeki genetik değişiklikleri izlemek için çığır açan bir teknoloji geliştirmeye başladıklarını, sistemin olası yeni varyantları tespit etmek, yeni hastalıklar ve gelecekte olası pandemiler için bir erken uyarı sistemi olarak hareket etmek için kullanılacağı belirtildi. İNGİLTERE GENOM ARAŞTIRMALARINDA LİDER KONUMDA İngiltere’nin Cambridgeshire şehrinde bulunan Wellcome Sanger Enstitüsünde bulunan ekip teknolojiyi ucuz, kullanımı kolay ve çok çeşitli virüslerin küresel gözetimini sağlayacak şekilde ölçeklendirilebilir hale getirmeyi amaçladıkları söyledi. Ekip, hedefleri arasında İnfluenza virüsleri, solunum Sinsityal virüsleri (rsv), Koronavirüsü ve daha önce bilinmeyen patojenlerin bulunduğunu belirtti. Projenin nihai amacı, solunum virüsü ve  mikrobiyom girişimini kullanarak tüm viral, bakteriyel ve mantar türlerini tanımlamak için DNA dizileme teknolojisini kullanacakları bir sistem oluşturmak olarak tanımlandı. Araştırma lideri Ewan Harrison “İngiltere, Kovid-19’un genomik gözetiminde lider konumdaydı. Ekip pandemi sırasında gezegen genelinde dizilen tüm Sars ve Covid genomlarının yaklaşık yüzde 20’sinden sorumluydu” dedi. Genetik araştırma ve DNA dizileme açsısından merkez üstü olan Sanger Enstitüsün’deki proje, araştırmada dünya lideri konumunda. Harrison ‘’ Elde ettiğimiz bilgi ve veriler benzeri görülmemiş hızda ve doğrulukta ilerleyen Covid-19’un oluşumuna sebebiyet olan Cov-2-Sars virüsünü takip etmemize yaradı. Bu salgınla mücadele için müthiş bir yardım sağladı. Şimdi, tüm solunum virüsleri için küresel bir genomik sürveyans oluşturmaya katkıda bulunmayı hedefliyoruz. Ne de olsa bunlar, yeni salgınları tetikleme olasılığı en yüksek olan etkenler’’ açıklamasında bulundu. 3 FARKLI NEDENİ BİLİNMEZ SALGIN Ekip çalışmalarında gelecekteki olası pandemi tehdidi örneği olarak Koronavirüsü salgınını temel aldı. Son 20 yılda nedeni bilinmeyen 3 salgın gerçekleşti. Çin’de ve komşu ülkelerde Sars, Ortadoğu’da Mers ve gezegeni etkileyen Covid-19 salgınları. Bununla birlikte teknolojinin olağanüstü potansiyelini ortaya çıkaran etkenin Kovid salgını sırasında genom araştırmalarının kullanılması olduğu söylendi. Aralık 2020’de güneydoğu İngiltere’de Covid vakalarında ani bir artış olduktan sonra yeni ve daha bulaşıcı bir varyantın daha ortaya çıkmasının teknolojinin gelişimini tetiklediği belirtildi. SARS2 VİRÜSÜNDEN KOVİDE DÖNÜŞÜM Başlangıçta “Kent” diye isimlendirilen virüsün daha sonra sars-cov2 Alpha varyantı olarak yeniden etiketlendiği belirtildi. DNA dizilim sisteminin viral, bakteriyel ve mantar türlerini tanımlamakta yardımcı olacağı söylendi. Sanger Entstitüsü’nün genomil gözetim biriminin lideri John Silitoe “ Keşif ezber bozdu. Genomik verileri çok hızlı bir şekilde oluşturduk. Bu varyantın çok yüksek bir oranda iletildiğini görebildik. Aniden, dünya genom biliminin neler yapabileceğini görebildi. Sistem virüslerdeki değişiklikleri diğer yöntemlerden çok daha hızlı görmenizi sağlıyor. Şimdi bu gücü kullanacağız.” açıklamalarında bulundu. Sanger proje ekibinin birleşik krallık sağlık güvenliği ajansı, İngiliz akademisyenler ve diğer halk sağlığı kurumlarıyla işbirliği yaparak, tek bir örnekten yalnızca bir virüs varyantını değil, herhangi bir virüs varyantını sıralamalarına izin verecek teknikler geliştirmek amacıyla çalıştığını belirtti. Sanger ‘’ Deney hastayı enfekte ediyor olabilir. Tipik olarak numuneler yeni ortaya çıkan bir hastalığın belirtilerinin ilk ortaya çıkma ihtimalinin yüksek olduğu bir hastaneye yeni kabul edilen kişilerden alınır. Bununla birlikte bu tür teknolojinin dünya çapındaki laboratuvarlara uyarlanabilir olması gerekir. Silitoe, Birleşik Krallık ve bir veya iki gelişmiş ülke dışında solunum yolu virüsü genomlarının nasıl sıralanacağını başka hiç kimsenin öğrenmemesi iyi olmaz. Küresel olarak bu tür bir gözetimimiz yoksa, gezegenin çoğuna yayılana kadar tehlikeli yeni bir varyantı tespit edemeyiz.’’ dedi. Silitoe “ Sistemin dünya çapında çalışabilmesi için en ucuz, en kolay, en hızlı ve en uygun ölçekte tasarlanması gerektiğini” belirtti. Silitoe ‘’Dünyadaki birçok laboratuvarda, insanlar daha küçük dizileme makinelerine sahipler ve Sanger’da yapabildiğimiz kadar çok örnek dizeleyemiyorlar. Bu nedenle sistemin burada büyük hacimli cihazlarımızda olduğu gibi bu makinelerde de eşit derecede iyi çalışmasını istiyoruz.’’ açıklamasında bulundu. FARKLI ÜLKELERDE AYNI PROJE ÜZERİNE ÇALIŞIYOR Araştırma görevlisi Harrison observer dergisine teknolojinin 3 farklı versiyonun şu anda test edildiğini söyledi. Doktor Harrison “ Önümüzdeki aylarda, parçaları değiştirip değiştiremeyeceğimizi ve muhtemelen sonunda bir hibrit bulunup bulunamayacağını göreceğiz. Amaç, bir yıl içinde kullanılabilir bir sistemi faaliyete geçirmek olacaktır. Ancak bundan sonra her zaman iyileştirmeler için yer olacaktır. Önemli olan nokta ucuz reaktifler kullanan, yüksek eğitimli teknisyenlerden oluşan ekipler gerektirmeyen, geniş ölçekte kullanılabilen bir sistem geliştirmemiz gerektiğidir. O zaman gerçekten bir fark yaratabiliriz. Şu anda birçok solunum virüsü için genomlarının belki 1000 – 2000’ini sıraladık. Yakın gelecekte her biri için yüzbinlerce genom yaratmak istiyoruz. Verecekleri bilgiler, sadece yeni bir hastalığın takibinde değil, aşı ve ilaç gelişiminin hızlandırılmasında da paha biçilemez olacak. ‘’ açıklamalarında bulundu. Sanger Enstitüsü’ndeki ekibin ortaya çıkan diğer birçok virüsü kapsayacak genomik araştırmaları genişletmeye çalışan tek bilim insan grubu olmadığı, ABD ve Almanya’daki merkezlerde de benzer projeler üzerinde çalışıldığı belirtildi.